《本草綱目》的編寫所參考書籍甚多。據有人統計他所引據的典籍758種，精讀的“子史經傳聲韻農圃，醫卜星相，樂府諸家”近800多種，時珍先后讀過《素問》、《靈樞》、《難經》、《甲乙經》、《東垣試效方》等古代醫書277家;本草學名著84家，引據《說文解字》(許慎)，《字說》(王安石)，《名苑》(司馬光)等古今經史440家;轉引《易經注疏》等共151家。正如《本草綱目》自序中所載：“漁獵群書，搜羅百氏”。

　　李時珍為明確藥物產地、形態等，他不畏艱苦親自到各地采訪，搜集各種物標本。從公元1552年開始編寫，時年35歲，并動員全家人，包括四個兒子，四個孫子，以及他的學生弟子，都參與編寫與校訂。經過27年的努力，于1578年完成這一部190多萬字的巨著初稿，后又經過十年做了三次修改和重編，前后總計40多年，于公元1596年(明萬歷二十四年)時珍過世后三年出版。

　　《本草綱目》是以唐慎微的《證類本草》為藍本，并吸收了《神農本草經》、《名醫別錄》、《唐本草》等有關著作的成就，結合自己的經驗進行加工、整理而成的一部藥物學巨著。書中對每種藥物的產地、性味、形態、采集方法、炮制過程、藥理研究、方劑配合都詳加敘述。特別是在藥物分類方面，采用析族、區類、振綱、分目的方法，從無機到有機，從低等到高等，順序是：水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、蟲、鱗、介、禽、獸、人部等16部，每部又分若干類，共62類。這種以綱摯目，綱舉目張的分類方法，在當時世界上是進步的。書中的植物分類法，對植物學的研究工作有很大貢獻，比西方植物分類學創造人瑞典的博物學家林奈的《自然系統》(1735)提出的植物分類法早157年。

　　《本草綱目》書中已有進化論思想，它關于動物的分類，是按照由低級到高級的進化順序排列的。李時珍已認識到生物對環境的適應性，提出某些動物“毛協四時，色合五方”。同時，已知利用生物適應環境的特性，進行人工飼養和改良品種。李時珍又觀察到動物的相關變異和突然變異現象，如烏骨雞的骨、舌皆黑，飼養金魚的顏色可以突然變化等。達爾文在其著作中曾引用《本草綱目》的資料。

　　《本草綱目》共52卷，載藥1892種，其中374種為新增藥物，有植物1094種，動物性藥物443種，礦物性藥物355種。附方11096首，插圖1160幅。書中還十分重視藥理的研究。對一些藥物的確實療效重新作出結論，如指出土茯芩治梅毒，延胡索可止痛，常山有截瘧作用，使君子，鶴虱，雷丸有殺蟲作用等。同時書中還批判了一些不合理的傳說，如以往記載服食水銀、雄黃可以成仙，服食“金丹”可以長生不老，李氏不僅從理論上加以否定，而且指出服食的危害性。又如對“草子變魚”，“馬精入地變為鎖陽”等說法，經過實際觀察，都加以改正，指出魚是魚子所化，鎖陽是一種植物。

　　李時珍在書中糾正了前人本草書中的某些錯誤。如把一藥誤認二物的南星，虎掌作了更正;把誤為蘭草的，正為蘭花;把誤為百合的正為卷丹;天花粉、括萎本是一種植物的塊根和果實，過去卻繪成兩種不同的植物，對此進行了糾正;把誤列為草類的生姜、薯蕷，重新分入菜類。《本草綱目》還對無機藥物的化學性質以及蒸餾、升發、沉淀、燒灼等技術作了闡述。

　　《本草綱目》書成后不久，于1590年由金陵胡承龍刻印，由王世貞作序，在1596年正式出版而刊行。這是本書的早刻本。現在上海圖書館藏有此書，其后此書屢行再版。如公元1603年《本草綱目》又在江西由夏良心、張鼎思重刻。1655年(清順治十二年)錢塘的吳毓昌重新復印。《本草綱目》至今在國內有30多種刻本。

　　《本草綱目》不僅在國內有深遠的影響，而且在國際上也有較大的影響。公元1606年時，《本草綱目》即由日本學者林道春首先傳入日本，1637年日本的翻印本出版。1783年又有由日本小野蘭山譯為《本草綱目譯說》附注解的日譯本出版。1929年日本人白井光太朗按照金陵版，翻譯為《國譯本草綱目》十五冊。本書的問世引起了日本醫藥界的震動，對于日本植物學和藥物學的研究，產生了巨大的影響。在日本有關研究'本草綱目'的書就有九種之多，并且編寫了許多配圖本和袖珍本。一直到今天在日本對于《本草綱目》仍視為珍寶。1647年波蘭人卜彌格將《本草綱目》譯為《中國植物志》于1657年以拉丁文出版。1735年在法國巴黎出版的《中國史地年事政治紀錄》中有法文的《本草綱目》數卷，在英國也有兩種《本草綱目》英語全譯本流行。據不完全統計，《本草綱目》在世界上有拉丁文、法文、德文、英文、日文、俄文、西班牙文、朝鮮文等八種文字的譯本流傳。被譽之為'東方醫學巨典'。英國生物學家、進化論的創始人達爾文在《人類的由來》一書中，還徑直把它稱為“中國古代的百科全書”。

　　《本草綱目》是一部劃時代的科學巨著，是我國十六世紀以前本草學的全面總結，它集中反映了我國醫藥學家和勞動人民的卓越智慧，是我國科技史上極其輝煌的碩果，是醫學寶庫中一份極其珍貴的遺產。